Al frente de las diferentes juntas directivas que ha tenido el Orfeón a lo largo de su historia destacan los presidentes. Una extensa lista que recoge las variaciones históricas de un coro que, sobre todo en sus primeros años, vivió numerosos cambios hasta alcanzar la estabilidad.

• Conrado García. (19 de marzo 1865 - 8 enero 1866)
• Jacinto Campión y Olave. (8 enero 1866 - 19 enero 1873 )
• Jacinto Campión y Olave. (6 de noviembre 1881 - 1883)
• Manuel Gil y Bardají. (10 de Junio 1883 - 16 enero 1884)
• Juan Lizarraga. (16 enero 1884 - 16 enero 1885)
• Serafín Mata y Oneca. (16 enero 1885 - 20 enero 1885)
• Florencio Ansoleaga. (20 enero 1885 - 24 Julio 1887)
• Fidel Maya (preside Comisión Organizadora). (28 de agosto de 1890)
• Juan Sanmartín. (28 de agosto 1890 - 8 de mayo 1892)
• Nemesio Aramburu. (8 mayo 1892 - 1 octubre 1892)
• Miguel Echarri. (1 de octubre 1892 - 1 octubre 1893)
• Santiago Benito. (1 octubre 1893 - 29 de octubre de 1893)
• Miguel Echarri. (29 octubre 1893 - 22 enero 1896)
• Nemesio Aramburu. (22 enero 1896 - 30 septiembre 1896)
• Joaquín Zubiría. (30 septiembre 1896 - 30 septiembre 1900)
• Miguel Echarri. (30 septiembre 1900 - 21 octubre 1901)
• Teodoro Navaz. (21 octubre 1901 - 31 marzo 1902)
• Joaquín Zubiría. (31 mar 1902 - 14 mayo 1902)
• Feliciano Ariz. (14 mayo 1902 - 27 agosto 1902)
• Joaquín Zubiría. (27 agosto 1902 - 20 octubre 1902)
• Arturo Saravilla. (20 octubre 1902 - 28 enero 1903)
• Jorge Fernández. (28 enero 1903 - 20 febrero 1906)
• Nemesio Aramburu. (20 febrero 1906 - 7 enero 1907)
• Jorge Fernández. (7 enero 1907 - 14 octubre 1907)
• Antonio Millor. (14 octubre 1907 - 23 octubre 1908)
• Baldomero Zulategui. (23 octubre 1908 - 17 enero 1911)
• Francisco Javier Arraiga. (17 enero 1911 - 29 enero 1915)
• Baldomero Zulategui. (29 enero 1915 - 17 enero 1920)
• Mariano Arteaga. (17 enero 1920 - 20 enero 1923)
• Jesús de Aranzadi. (20 enero 1923 - 18 enero 1925)
• Mariano Arteaga. (18 enero 1925 - 30 enero 1950)
• Hilario Etayo Esparza. (30 enero 1950 - 3 febrero de 1962)
• Mariano Carlón Maqueda. (3 febrero 1962 - 9 de febrero 1963)
• Joaquín del Olmo Basterrechea. (9 febrero 1963 - 30 marzo 1968)
• Félix Huarte Goñi. (30 marzo 1968 - 23 febrero 1972)
• Jesús Huarte Beaumont. (23 febrero 1972 - 2 junio 1973)
• Javier Donezar Sarasibar. (2 junio 1973 - 30 de junio 1982)
• José Luis Zufía. (30 de junio 1982 - 26 septiembre 1984)
• Luis Morales Améztegui. (23 de octubre 1984 - 10 de abril 1986)
• Fernando Benito Capitán. (10 abril 1986 - 15 de enero 1993)
• José Juan Noguera Palau. (15 de enero 1993 - 26 de abril 1996)
• Juan José Pérez-Alfaro Prat. (26 de abril 1996 - 24 febrero 1999)
• Mercedes Irujo. (24 febrero 1999 - 30 junio 2005)
• Javier Orella de Anitua. (30 Junio 2005 - actualidad)