El Orfeón queda plenamente consolidado una vez que accede a la dirección artística Remigio Múgica, al ganar el Concurso Internacional de Orfeones, Bandas y Charangas de Bilbao en agosto de 1892.

Don Remigio da al Orfeón Pamplonés la categoría de gran coro, a la manera de las grandes formaciones corales de ciudades europeas que durante el siglo XIX se inscribían dentro de las sociedades filarmónicas y que se conocían con el nombre de orfeones, inicialmente integrados sólo por voces masculinas (Coro de Hombres y en ocasiones Coro de Niños).

La mujer estará presente casi desde los orígenes en el Orfeón, participando en ocasiones especiales (coros de zarzuelas, galas líricas.). Esta presencia femenina se consolida cuando en 1903 se constituye el llamado Coro de Señoritas, convirtiendo al Orfeón Pamplonés en pionero en la creación de coros mixtos en España.

La incorporación de las voces femeninas supondrá un gran avance, al poderse acometer repertorios sinfónicos de gran envergadura.

En 1906, el Orfeón Pamplonés, ya como coro mixto, actúa en la Boda del Rey Alfonso XIII con doña Victoria de Battemberg.

En 1919 el Orfeón Pamplonés participa por última vez en un concurso de Orfeones, el de Bilbao, certamen que gana. A partir de los años 20, emprende una carrera artística insólita para la época, interpretando obras que en España no habían sido estrenadas, como la Misa Solemnis de Beethoven o la Misa en Si de J.S. Bach.

Bajo la batuta del maestro Múgica y con Fernández Arbós al frente de la Orquesta Sinfónica de Madrid se inician importantes colaboraciones musicales. En el año 1927, el Orfeón y la OSM de Arbós participan en el Centenario de la Muerte de Beethoven con una serie de conciertos en el Monumental Cinema de Madrid.

En el año 1928, Maurice Ravel dirige al Orfeón Pamplonés para interpretar sus "Tres obras para coro": "Nicolette", "Trois oiseaux du paradis" y "Ronde" (1915).

Durante los años siguientes, y a pesar de los avatares políticos que sufre España (incluida la Guerra Civil), se consigue mantener un coro moderno, introduciéndose repertorios desconocidos como los de música antigua (Tomás Luis de Victoria, Guerrero.).